ในการศึกษาพืชสมุนไพร จำเป็นต้องทราบถึงองค์ประกอบทางเคมีที่พบในพืชสมุนไพรที่สนใจ เพื่อประโยชน์ในการในการศึกษาเกี่ยวกับสารออกฤทธิ์ การควบคุมคุณภาพ การจัดทำมาตรฐานของสมุนไพร รวมทั้งอาจใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาจากสมุนไพร องค์ประกอบทางเคมีของพืชสมุนไพรแบ่งได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่คือ เมแทบอไลต์ปฐมภูมิ (primary metabolites) และ เมแทบอไลต์ทุติยภูมิ (secondary metabolites) ซึ่งสารกลุ่มหลังจะถูกนำมาพัฒนาเป็นยาหรือผลิตภัณฑ์สุขภาพมากกว่าสารกลุ่มแรก