กระบวนการเซลล์กลืนกินตัวเอง (autophagy) นั้นไม่เพียงเป็นระบบในการย่อยสลายโปรตีนส่วนเกินหรือออกาเนลล์ที่เสื่อมสภาพภายในเซลล์เท่านั้นแต่ยังมีบทบาทในการกระตุ้นภูมิคุ้มกันแต่กำเนิดที่ต้านการติดเชื้อไวรัสเด็งกี่ด้วย โดยมีการศึกษาพบว่าส่วนประกอบของไวรัสเด็งกี่ และส่วนของไวรัสจะรวมกันในโครงสร้างที่เรียกว่า autophagosome และโครงสร้างที่ซับซ้อนนี้จะถูกเคลื่อนย้ายไปที่ไลโซโซม เพื่อใช้เอนไซม์ของไลโซโซมทำการย่อยสลายต่อไป และการศึกษาจำนวนมากบ่งชี้ว่าไวรัสเด็งกี่สามารถเปลี่ยนแปลงกระบวนการ autophagy ที่ส่งผลให้ไวรัสเด็งกี่สามารถหลบหลีกระบบภูมิคุ้มกันของโฮสต์จึงทำให้เพิ่มจำนวนภายในโฮสต์ได้

กระบวนการเซลล์กลืนกินตัวเอง ไวรัสเด็งกี่ การเพิ่มจำนวนของไวรัส